Mit dem Bio-Siegel dürfen die in den Anwendungsbereich der EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau (siehe Verordnung (EG) Nr. 834/2007 und Durchführungsvorschriften) fallenden nicht verarbeiteten und die für den menschlichen Verzehr oder als Futtermittel bestimmten verarbeiteten Agrarerzeugnisse gekennzeichnet werden. Die landwirtschaftlichen Zutaten der verarbeiteten Agrarerzeugnisse müssen bei Lebensmitteln zu mindestens 95 Prozent  aus dem ökologischen Landbau stammen. Die übrigen Zutaten landwirtschaftlichen Ursprungs müssen in Anhang IX der Verordnung (EG) Nr. 889/2008 aufgeführt oder von einem Mitgliedstaat der EU vorübergehend zugelassen worden sein. Für Futtermittel gelten tierartspezifische Vorschriften.

Da die EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau noch keine speziellen Vorschriften für die Weinbereitung enthalten, ist bei der Kennzeichnung von Wein durch den Hinweis "Wein aus Trauben aus ökologischem Anbau" oder "Wein aus ökologisch angebauten Trauben" auf die ökologische Erzeugung der Trauben hinzuweisen. Sofern dieser Hinweis in direktem räumlichen Zusammenhang mit dem Bio-Siegel erfolgt und die einschlägigen Rechtsvorschriften eingehalten werden, kann das Bio-Siegel auf dem Etikett angebracht werden.

Produkte der Aquakultur (zum Beispiel Fisch aus Teichwirtschaft oder Algen) können seit dem 1. Juli 2010 mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden.

Erzeugnisse der Jagd und der Fischerei wild lebender Tiere gelten nicht als aus ökologischer Produktion stammend. Sie können daher nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden. Dies gilt auch für die von den EU-Rechtsvorschriften für
den ökologischen Landbau nicht erfassten Arzneimittel und Kosmetika.

Agrarerzeugnisse, die im Rahmen der Umstellungsphase eines Betriebes auf die ökologische Landwirtschaft hergestellt wurden, dürfen ebenfalls nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden.

Mit Vitaminen oder Mineralstoffen angereicherte Lebensmittel dürfen nur insoweit mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden, als die Verwendung von Vitaminen oder Mineralstoffen gesetzlich vorgeschrieben ist.

Restaurants und Kantinen etc. dürfen das Bio-Siegel zur Kennzeichnung von Menüs und Menükomponenten nutzen, sofern sie gemäß den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau zertifiziert worden sind.