Mit dem Bio-Siegel dürfen die in den Anwendungsbereich der EG-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau (siehe Verordnung (EG) Nr. 834/2007 und Durchführungsvorschriften) fallenden nicht verarbeiteten und die für den menschlichen Verzehr bestimmten verarbeiteten Agrarerzeugnisse gekennzeichnet werden. Die landwirtschaftlichenZutaten der verarbeiteten Agrarerzeugnisse müssen zu mindestens 95 Prozent  aus dem ökologischen Landbau stammen. Die übrigen Zutaten landwirtschaftlichen Ursprungs müssen in Anhang IX der Verordnung (EG) Nr. 889/2008 aufgeführt oder von einem Mitgliedstaat der EU vorübergehend zugelassen worden sein.

Da die EG-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau noch keine speziellen Vorschriften für die Weinbereitung enthalten, ist bei der Kennzeichnung von Wein durch den Hinweis "Wein aus Trauben aus ökologischem Anbau" oder "Wein aus ökologisch angebauten Trauben" auf die ökologische Erzeugung der Trauben hinzuweisen.

Sofern dieser Hinweis erfolgt und die einschlägigen Rechtsvorschriften eingehalten werden, kann Wein mit dem Bio-Siegel etikettiert werden.

Produkte der Aquakultur (z.B. Fisch aus Teichwirtschaft oder Algen) können ab dem 1. Juli 2010 mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden. Bis zu diesem Zeitpunkt kann das Bio-Siegel für Produkte der Aquakultur nur dann verwendet werden, wenn nationale Bestimmungen oder – falls solche nicht bestehen – von den Mitgliedstaaten akzeptierte oder anerkannte private Standards eingehalten werden.

Erzeugnisse der Jagd und der Fischerei wild lebender Tiere gelten nicht als aus ökologischer Produktion stammend. Sie können daher nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden. Dies gilt auch für die von den EG-Rechtsvorschriften für
den ökologischen Landbau nicht erfassten Arzneimittel und Kosmetika.

Mit Vitaminen oder Mineralstoffen angereicherte Lebensmittel, verarbeitete Futtermittel sowie Agrarerzeugnisse, die im Rahmen der Umstellungsphase eines Betriebes auf die ökologische Landwirtschaft hergestellt wurden, dürfen ebenfalls nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden.

Nach dem Öko-Landbaugesetz dürfen Restaurants, Kantinen etc. das Bio-Siegel zur Kennzeichnung von Menüs und Menükomponenten nutzen, sofern sie gemäß den EG-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau zertifiziert worden sind.